大明皇家科学研究所，坐落在南京西郊，位于雨花台以南至将军山之中。这个位置选的甚妙，如果朱怡成拿着后世的地方比较的话就能发现，所选研究所的位置同后世的南京科技馆几乎重合。
名称虽只是研究所，但其占地极大，并且为保密，研究所筑着高高的围墙，还有精兵把守，从外表来看，几乎和个小城没什么两样。
而在其内，更有不同的区域和建筑划分，从大的来看，分别有核心区域（主要是研究室、实验室、行政办公等等），工厂区（为进行实用和实验性质的各小型工厂），生活区（供研究所人员平日住宿生活的区域）。除此之外，在研究所外，向西二十里的地方，还有一片划归研究所的荒地，这地方是用来进行一些必要的，具有危险性的实验所用，比如说武器军械等等，这些东西的实验在研究所内危险性极大，而且有许多不控因素，所以再设置一个专门的外至区域是必不可少的。
研究所的当家人当然是刚刚归京的黄履庄，为了保证研究所的独立性，朱怡成前些天新设了一个机构，这机构名为工科司，工科司主官为工科使，正四品官衔。黄履庄也从工部主事直接调任工科使，同时也升了官。
从六品主事直接升任四品，黄履庄等于升了四级，这也算是对于他在宁波工作成绩的表彰。至于工科司，直属于朝廷，同时独立于六部以外，由皇室和军机处直接统属。
整个研究所如今拥有科研人员一百三十人，这些人中有的是从工部抽调的，也有的是从宁波工房迁移过来的，还有些是从民间推荐录用的。除了这些科研人员外，另外还有三百六十人的警卫部队，这支部队装备精良，忠诚可靠，骨干由锦衣卫组成，以确保这里的安全和保密工作。
今天，是皇家科技研究所正式成立的日子，为让人知道自己的态度和对研究所的重视，朱怡成出宫亲自主持了研究所的成立仪式。
皇帝出宫，虽朱怡成提前有所交代，不得大张旗鼓，但必要的仪仗依旧免不了，同样陪同的大臣也是无可避免的，所以最终来到研究所的不仅是朱怡成，还有军机处的首席军机廖焕之，此外工部尚书蒋瑾因为工部同研究所之间的渊源，他也跟了过来。
吉时已到，朱怡成在经过一番简化的仪式后正式宣布皇家科学研究所就此成立。完成仪式后，朱怡成等人在黄履庄的陪同下步入研究所，视察着研究所的内部，同时听取汇报。
整个研究所的规划和建造是由蒋瑾负责，并报与朱怡成拍板的，但当步入研究所内，看着那一座座规划整齐的建筑和内部完整的设备时，朱怡成不由得微微点头。
尤其是在一幢建筑内，看到了许多精密的仪器所组成的实验室后，朱怡成更是满意。这里，虽无法达到后世真正科研机构的先进，但在这时代已是出类拔萃的了，朱怡成相信，研究所的设施和规模，在这时代可以说是最为先进的，也是最为完善的，这点从威廉来到研究所后所表现出来的惊讶就能得知。
如今时代，剑桥大学的科技水准已是一流，但相比这个研究所，其专业性和完整性已超过了剑桥大学。但是，研究所真正起作用的不是那些死物，关键还在于人，那一百三十名科研人员，这才是研究所的核心和未来。
威廉现在已接受了朱怡成的提议，正式留在了大明，并且成了研究所的一员。但他的职务依旧是工部主事，行政方面调任工科司，以协助黄履庄。
这倒不是朱怡成不想让威廉直接在工科司任职，而是威廉特意向朱怡成提议的。虽然威廉毕业于剑桥大学，对于科学方面较为了解，在宁波时期也协助黄履庄做了不少科技改革的工作，而且取得了成效。
但威廉并非真正的科学家，如果他真对于科学有浓厚兴趣的话，那么威廉在剑桥大学毕业后也不会接受邀请跑到东印度公司任职了。从这点来讲，威廉并不想把自己同科技划上等号，在他看来，自己的能力并非只在科技一方面，而更多的是商业和政治，或者说外交方面。
如果直接调任工科司，成为其真正一员，那么威廉就把自己定性为一个科技人员了。这是威廉所不愿意的，也不是他所想的。正是因为如此，威廉向朱怡成阐述了自己的想法，经过考虑后，朱怡成答应了他的请求，所以他如今在工科司只是行政调任，其职务依旧在工部，而负责的主要工作除了暂时协助黄履庄外，还有对西方科学的书籍翻译和整理等等。
等一年后，朱怡成就将按照威廉的要求把他从工科司在调出来，至于是回到工部还是去其他部门，那要根据威廉在这一年中表现出来的能力和意愿再决定。
身着官服的威廉如今跟随众人一起陪同朱怡成视察研究所，虽然他有着一张西方人的面孔，但是在众人中却没丝毫异样。实际上，当得知威廉即将成为自己的同僚，最为高兴的当然是黄履庄了。在他看来，威廉能够留在大明，同自己一起在研究所内任职，这不仅是朱怡成英明，更是自己举荐有方，有这样一个人协助自己，黄履庄对于在研究所的工作开展是信心倍增。
在研究所正式成立之前几日，威廉已对他在东印度公司的工作进行了安排。来到远东，他当然不是一个人，手下还有几个随从的，只不过这些随处并不是专业人士，仅仅只是自己的叔叔派给他的护卫。
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