这时南明的弘光朝廷己经建立起来,以原川陕总督樊一蘅仍任原职,又任命原大学士王应熊为兵部尚书总督川湖云贵军务,并赐尚方宝剑便宜行事,驻扎遵义,以图收复四川。是年三月,明四川巡抚马干派副将曾英带兵攻陷重庆。四川各地残余的明将曾英、李占春、***、王祥、杨展等部,纷纷聚集兵马,响应号招,袭击大西军,一度还复夺了重庆,向成都进攻。
不过这时弘光朝廷的主要精力是对付南侵的清军,在四川作战的,都是本地的人马,根本不是张献忠的对手,很快就被张献忠击败,退守重庆,不敢在进攻。
同时清廷也派人下诏,诱降张献忠,但张献忠对此置之不理,而这时清军的主力都在江淮一带与商家军作战,也只满足于占领汉中、陕南之地,暂时也无心图取四川。而张献忠这时也不思进取,在成都养尊处优,又过了一年多的舒心曰子。
在顺治三年（1646年）,吴三桂和尼堪奉命率军入川,也宣告张献忠在四川的好日子,终于过到头了。
吴三桂由夔州入川,首先进取重庆府,这时留守在重庆府的明朝兵部尚书、总督川湖云贵军务王应熊病故,余部曾英、杨展、***、王祥等人纷纷投降吴三桂,拱手将重庆府让给了清军。而另一路清军也在尼堪的率领下,由汉中南下入川,攻取了川北门户阆中。
于是吴三桂派部将马宝、夏国相由重庆率军西进,夺取川南州县,然后率师北指,进逼成都,而自己领军与尼堪汇合南下,分从两路夹击成都。
而张献忠也决定先击败南面的清军,然后再北上与吴三桂一战,于是亲率大军,出成都迎战马宝、夏国相部人马,打算双方激战于彭山的江口,那知淸军虽然兵少,但却十分悍勇,大西军根本不是对手,结果张献忠被清军打得大败,只好退回成都。马宝、夏国相也率军由南面逼向成都。
这时张献忠才知道清军厉害,不是明军可比的,因此也不敢在成都停留,决定率军北上迎战清军,并伺机逃入陕西去,仍然用用流冠战术,与清军周旋。同时还尽杀自己入川之后所纳的妻妾,幼子,然后分兵四路,分由孙可望、刘文秀、艾能奇、冯双礼为大军的护卫,向陕西进发。于当年十月,张献忠亲率大军,扎营于西充凤凰山,与清军对持。
大西军的士兵本来都是四川农民,一多半都是被迫入伍,以前大西军连胜明军,到还没什么,但这时见清军势大,自己不可敌,都心无斗志,因此纷纷逃亡。而张献忠闻报之后,欲将所有逃兵全部诛杀,部将刘进忠进谏道：“生灵不可妄杀。”但张献忠不纳,反调刘进忠回军凤凰山一同诛杀逃兵,但刘进忠害怕张献忠这时借故调自己返回,不敢自投虎口,于是连夜弃走,到清军的大营,向吴三桂投降。
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