此役中国共有147架飞机被击落、75架飞机被击伤，其中大部分都是轰炸机，而且由于大海茫茫难以救援，跳伞的飞行员中的大部分都牺牲了，多达108名轰炸机飞行员为祖国献出了年轻的生命，考虑到中国后备飞行员数量严重不足、轰炸机飞行员又最难培养，这个损失不可谓不大。如果再算上轰炸机的机枪手和战斗机飞行员。空军总的牺牲人数达到了247人。此外。海军损失了9艘鱼雷艇及其上面的全部艇员，而几艘大中型舰艇在追击残敌的过程中也有几艘受到了不同程度的损伤，加起来一共牺牲了121人，而且对于中国来说。海军同样是稀缺的技术兵种。因此不能简单地以人数来衡量损失的大小。
但不管怎么说。中国海空军的这次联合作战还是取得了莫大的成功，而“舟山之战”作为世界历史上的首个“立体打击”战例，也由此永远地载入了史册。不过此战也不能说是毫无瑕疵。比如有人就指出用潜艇代替此战中的鱼雷艇或许效果更好，但因为此时潜
如果，
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